Чеа був відомий, як Брат №2 і був "правою рукою" лідера режиму Пол Пота. Він був засуджений військовим трибуналом ООН за військові злочини, злочини проти людяності, геноцид, релігійні переслідування, вбивства та тортури. Він відбував довічне покарання у в'язниці.
Дослідники вважають, що Чеа відповідав за екстремістську політику і безпосередньо організовував чистки і страти.
Правління "Червоних кхмерів" призвело до загибелі 1,7 мільйона чоловік від голоду, хвороб, тортур і смертей в трудових таборах. Чеа ніколи не визнавав свою провину.
"Я не був військовим злочинцем... Я визнаю, що були помилки. Але у мене була моя ідеологія. Я хотів звільнити свою країну. Я хотів, щоб люди мали благополуччя". - сказав Чеа в 2004 році в інтерв'ю Associated Press.
Чеа розповідав, що партійною ідеологією був марксизм-ленінізм. Після приходу Пол Пота до влади в 1975 році "Червоні кхмери" почали виселяти людей з міст і перетворили країну на величезний трудовий табір. Після відсторонення від влади в 1979 році "червоні кхмери" вели партизанську війну ще два десятиліття, перш ніж остаточно розпастися. Пол Пот помер в джунглях в 1998 році, в цьому ж році здалися Нуон Чеа і Кхієу Самфан.