Вернидуб був призначений виконуючим обов’язки головного тренера “Зорі” ще в листопаді 2011 року, а після нічиєї з київським “Динамо” 2 травня 2012 року, приставка “в.о.” була знята. Тоді на посту головного тренера Вернидуб змінив Анатолія Чанцева.
Спеціаліст також є рекордсменом команди за кількістю проведених матчів у якості головного тренера Прем’єр-ліги.
Додамо, що при Вернидубі “Зоря” стала регулярним учасником єврокубків, двічі грала у груповому етапі Ліги Європи, вперше в історії вийшла в півфінал Кубка України.