В момент аварии подлодка находилась на глубине 920 м. В этот момент в шноркель, устройство для забора воздуха для двигателя подлодки, попала вода. Для того чтобы она не попала на батареи или в двигатель, в трубе расположен клапан (в случае с San Juan — клапан Е19), однако он по какой-то причине не был закрыт до конца. Через него вода просочилась в аккумуляторные батареи. Затем на подлодке произошло короткое замыкание и взрыв.
По словам Бурдена, к такому заключению пришли специалисты немецкой судостроительной компании Nordseewerke Emden. Она в конце 1970-х годах построила подлодку для аргентинских ВМС.
Перед тем как отправиться в последнее плавание, подлодка была в исправном состоянии, добавил контр-адмирал.
Подлодка пропала с радаров 15 ноября 2017 года во время патрулирования в прибрежной зоне Аргентины. Поисково-спасательные работы прекратили спустя две недели. Обнаружить подлодку ВМС Аргентины смогли только через год — в середине ноября 2018 года. Она находилась в 460 км к юго-востоку от города Комодоро-Ривадавия.
На борту подлодки находились 44 человека.
Напоминаем, в декабре прошлого года министр обороны Аргентины связал гибель подводной лодки San Juan с качеством её ремонта.