Новое соглашение пересмотрели, его представят для утверждения конгрессом, но не будут ставить на всеобщее голосование.
Оппозиционные группы говорят, что документ до сих пор недостаточно регулирует наказание повстанцев за нарушение прав человека.
Соглашение направлено прекратить вооруженный конфликт, длящийся 50 лет, в котором были убиты более 260 000 человек.
Во вторник во время телевизионного обращения к нации, президент Хуан Мануэль Сантос заявил: "У нас есть уникальная возможность закрыть этот болезненный раздел нашей истории, который привел к гибели людей и поражал миллионы колумбийцев в течение полувека."
Первичное соглашение подписали два месяца назад на церемонии, перед мировыми лидерами. Впрочем, население не поддержало его на референдуме 2 октября.
Противники правительства во главе с бывшим президентом Альваро Урибе заявили, что соглашение было слишком выгодным для повстанцев.
ФАРК и представители правительства, которые вели переговоры, работали круглосуточно, чтобы разработать более 50 поправок к соглашению, которые сделают его более приемлемым для консервативных колумбийцев, которые пренебрегают ФАРК.
А.Урибе и другие скептики продолжали утверждать, что изменения, которые внесли, были "косметическими".