Заробивши репутацію сильного і здатного лідера, Юханссон в 1990 році був обраний п'ятим президентом УЄФА на Конгресі на Мальті. Швед був президентом УЄФА протягом 17 років - з 1990 по 2007 рік.
Під час роботи Юханссона в УЄФА особа європейського футболу сильно змінилося. Причому мова йде не тільки про спортивну складову, але і про комерційну. До його приходу УЄФА виконував лише адміністративні функції, а штаб-квартира знаходилася в скромному передмісті Берна. При Юханссон ж організація стала розвиненою і сучасної. Її офіс переїхав в Ньйон на берег Женевського озера і став називатися Будинком європейського футболу.
У роки правління Леннарта Юханссона, на початку 90-х, була створена Ліга чемпіонів УЄФА, що стала найпрестижнішим турніром на планеті. У ньому з року в рік виступають найсильніші футболісти світу, за якими стежать мільйони уболівальників.
Варто відзначити, що в Конгресі УЄФА в Дюссельдорфі в січні 2007 року Леннарт Юханссон був обраний почесним президентом УЄФА. Він продовжував активно цікавитися життям європейського футболу, зокрема, відвідував засідання Виконавчого комітету УЄФА.
Додамо також, у зв'язку з відходом з життя колишнього президента УЄФА Юханссона на всіх матчах під егідою УЄФА на цьому тижні пройде хвилина мовчання.