Загалом на три роки на реалізацію програми необхідно 9 млрд 407,3 млн грн. У 2017 році закладено 2,9 млрд грн.
Зокрема, для лікування рідкісних ендокринних хвороб, хвороб крові, кровообігу, нервової системи, рідкісних природжених вад розвитку, деформації та хромосомних аномалій, а також лікування хвороб кістково-м'язової системи в наступному році спрямують майже 2,5 млрд грн. Також близько 2-х мільярдів гривень закладуть на допомогу та медзабезпечення онкологічних хворих.
Окрім того, вперше передбачено кошти на закупівлю виробів медичного призначення, лікарських засобів, реактивів та дезінфектантів, необхідних для проведення гемодіалізу. Загалом на ці цілі впродовж 2017-2019 мають виділити понад 658 млн грн.
На ендокринологічну допомогу — 419,7 млн грн, на репродуктивне здоров'я киян — 36,1 млн грн. На ендопротезування заплановано 87 млн грн.