Перші скам’янілості тварини були виявлені Чарльзом Дарвіном ще в 1834 році в Уругваї та Аргентині, але лише недавно вченим вдалося відновити геном вимерлого ссавця завдяки аналізу мітохондріальної ДНК. Дослідження показало, що сучасними родичами стародавнього копитного припадають коні, носороги і тапіри.
Для досліджень був потрібний генетичний матеріал найближчих родичів, яких у Macrauchenia patachonicа не було. Тому фахівці звернулися до ітераційного картування, заснованому на використанні точних параметрів і геномів мітохондрій ряду живих істот в якості декількох опорних точок для більш надійного прогнозування ймовірних генетичних послідовностей копалин.
Цей метод допоміг відновити майже 80% генома тваринного, яке зайняло своє місце в групі Panperissodactyla на еволюційному древі копитних тварин.