П.Мельник обвинувачувався у незаконному відчуженні майна, яке перебувало в оперативному управлінні Національної академії ДПС України, знаходилось в Київській, Хмельницікій областях, а також у м.Сімферополь. Сума завданих державі збитків становить понад 33 млн грн.
Як повідомляв УНН, 11 грудня 2017 року Бородянський районний суд Київської області визнав невинним екс-ректора Національної академії ДПСУ Петра Мельника, який обвинувачувався у розтраті нерухомого майна, що належало цьому вишу.